Door het protocol blijft Noord-Ierland bij de Europese eenheidsmarkt en de douane-unie. Gevolg daarvan is wel dat er controles zijn gekomen tussen Groot-Brittannië en Noord-Ierland, iets wat de Noord-Ierse unionisten als een regelrechte nachtmerrie beschouwen. Zij vrezen dat het protocol een hereniging van Noord-Ierland en Ierland in de hand zal werken. 

Verschillende unionistische politici hadden de procedure aangespannen, onder wie ook de voormalige premiers van Noord-Ierland Arlene Foster en (de reeds overleden) David Trimble. Zij zien het protocol als een bedreiging voor de plaats van Noord-Ierland binnen het Verenigd Koninkrijk.

Volgens hen is het protocol onwettelijk omdat dat zowel de Act of Union uit 1800 waarbij het huidige Verenigd Koninkrijk gecreëerd werd, als de Northern Ireland Act, die de Goede Vrijdagakkoorden van 1998 bekrachtigde, met voeten treedt.

Het Hooggerechtshof van Belfast had in juni 2021 al geoordeeld dat het protocol wettelijk is en nu volgt het Britse Hooggerechtshof dus ook.