Courtoy raakte bij het grote publiek bekend nadat hij de verdediging opnam van Mehdi Nemmouche, de dader van de aanslag in het Joods Museum in Brussel waarbij vier mensen stierven.

Op het assisenproces over de aanslagen van 22 maart 2016 verdedigde Courtoy beklaagde Smail Farisi.

Courtoy, een begenadigd spreker, stond ervoor bekend dat hij zijn cliënten vastberaden verdedigde en soms urenlang pleitte. Hij kon ook provoceren, soms tot op het extreme af, waardoor hij een opvallende persoonlijkheid was. Zijn no-nonsensetaalgebruik, zijn bijtende humor en zijn rebelse stijl werden door sommigen gewaardeerd, terwijl tegenstanders zijn stijl soms respectloos vonden. Een keer leverde een tussenkomst hem zelfs een sanctie op.

Sébastien Courtoy trad ook op als adviseur van verschillende controversiële figuren, zoals de komiek Dieudonné en het voormalige Kamerlid Laurent Louis.